Giai đoạn này các nhà trọ sinh viên được định hình một cách rõ nét, Cha Tôma chia các nhà trọ thành 3 cụm gồm: Cụm Tân Bình, Cụm Lê Văn Sỹ, Cụm Gò Vấp. Anh em học tập tại khu vực nào sẽ được Cha bố trí trọ tại cụm đó để thuận tiện cho việc học tập.
Thời khóa biểu và nội quy nhà được phổ biến đồng thời tại các nhà, Cộng Tác Viên sẽ hỗ trợ các trưởng nhà để sắp xếp thời gian biểu của nhà cho thích hợp.
Cụm Tân Bình
Cụm Tân Bình bao gồm các nhà tại quận Tân Bình. Anh em trọ thuộc cụm Tân Bình học tập tại các quận lân cận như quận 10, quận 11, quận 5, quận 6….Bao gồm các nhà: nhà 36 TRUNG LANG, nhà TRẦN MAI NINH 1, nhà TRẦN MAI NINH 2, nhà VĂN CÔI, nhà LÊ NGÂN, nhà LÊ LAI, nhà PHÚ TRUNG.
Xem thêm: Căn nhà đầu tiên
Cụm Lê Văn Sỹ
Các nhà trọ thuộc cụm Lê Văn Sỹ thời gian đầu chủ yếu tập trung tại Giáo Xứ Vườn Xoài gồm các nhà: nhà LÊ VĂN SỸ 1, nhà LÊ VĂN SỸ 2, nhà TÂN HÒA. Tuy nhiên, vì số lượng nhà trọ tại Cụm Tân Bình tăng nhanh nên Cha Đặc Trách tách nhà Hòa Hưng (Quận 10) và nhà Đồng Đen (quận Tân Bình) vào cụm Lê Văn Sỹ để các Cộng Tác Viên hỗ trợ anh em tốt nhất. Anh em sống tại cụm này học tập tại quận 3, quận 1, quận Phú Nhuận…
Xem thêm: Đi thuê nhà trọ
Cụm Gò Vấp
Cụm Gò Vấp được thành lập khá sớm từ năm 2008 – thời điểm thành lập nhà Phan Văn Trị. Thời gian đầu cụm Gò Vấp chỉ duy nhất có nhà Phan Văn Trị vì các trường Đại Học anh em theo học tại địa điểm này cũng ít.
Đến năm 2003 số lượng anh em tăng nhanh nên Cha Đặc Trách thành lập thêm nhà BẾN CÁT, nhà HÀ KIỀU, nhà DƯƠNG QUẢNG HÀM. Anh em trọ tại khu vực này chủ yếu theo học tại quận Gò Vấp, quận Bình Thạnh, quận 3, quận 1…
Xem thêm: Những ngôi nhà kế tiếp
Kỉ yếu Nhà trọ Sinh viên Don Bosco (giai đoạn 1993 – 1996)
